1．选种及种子消毒。留种时应从无病果中选取种子，减少种子带菌。种植前先将种子放入52℃～56℃的温水中浸种25分钟～30分钟，能收到较好的杀菌效果。
2．注意选地，高畦深沟。高温多湿是炭疽病发生的有利条件，因此栽培苦瓜应选择地势较高的田块。要高畦深沟，并注意排水，适当密植，疏剪老叶和病叶，使之通风透光，改变田间小气候，降低田间湿度。并且要合理施肥，使植株生长健壮，增强抗病力。
3．药剂防治。苦瓜在幼果期和高温多雨天气容易发病，要连续喷药防病，每隔7天～10天喷1次50％多菌灵500倍～600倍药液，或用75％百菌清可湿性粉剂600倍～800倍液，或用1∶15∶150波尔多液进行防治。